MA Plus Walisongo didirikan pada tanggal 29 September 1993 oleh Bapak Drs. H.M. Ridho Dinata sebagai Ketua Yayasan Perguruan Islam Pondok Pesantren Walisongo. Pada awal berdiri, Ponpes Walisongo dipimpin oleh Drs. Noer Qomaruddin AS.MH sebagai pengasuh Ponpes Walisongo.